Кафедра появилась в 1955 году как «кафедра экономики промышленности», выделившись из кафедры экономики и планирования народного хозяйства ЭФ МГУ. Руководители-инициаторы — С.М. Гуревич, Г.Д. Бакулев и Д.И. Славин.

В конце 1950-х – начале 1960-х кафедра под руководством проф. Б.С. Геращенко готовила материалы к грядущей промышленной реформе 1965 года. Вышли два издания учебника «Экономика социалистической промышленности» (1957, 1961). Формировалась сильная прикладная школа, тесно связанная с задачами государственной промышленной политики.

Под руководством проф. А.Г. Омаровского кафедра участвовала в подготовке и реализации реформы в промышленности 1965 года. Акцент сместился к механизмам экономического стимулирования и внедрению новой техники. На кафедре вышли знаковые работы Г.А. Егиазаряна: «Материальное стимулирование за новую технику» (1964) и (совместно с В.А. Жаминым) «Эффективность квалифицированного труда» (1968). Научные результаты оперативно внедрялись в учебные курсы. Кафедра укрепила позицию прикладного центра по проблемам промышленной экономики.

С 1972 года под руководством проф. Г.А. Егиазаряна кафедра переориентировалась на экономические методы управления и эффективность. Учебные курсы обновили под реформы, а базовый учебник по экономике промышленности многократно переработали и переиздали (1971; 1977; 1980; 1988). В 1976 году создали лабораторию хозрасчёта и экономического стимулирования, которая внедряла результаты исследований в практику.

Кафедра стала головной площадкой по вопросам хозяйственного механизма и вела прикладные работы для союзных ведомств. Провели крупные отраслевые эксперименты: в электротехнической промышленности и затем в приборостроении — с комплексной системой управления, нормативно-долевым распределением прибыли и отраслевыми схемами стимулирования НТП. Исследования НТП усилились после постановления 1983 года; работа шла вместе с академическими институтами, а Н.П. Иващенко участвовала в разработке долгосрочной Комплексной программы НТП СССР. В начале 1990-х кафедра сместила фокус с «отрасли» на фирму и рынки; в 1992 году это закрепили новым названием.

В 1995 году Наталия Павловна Иващенко возглавила кафедру и развернула её к «экономике знаний» и затем к экономике инноваций; в 2007 это закрепилось новым названием — «кафедра экономики инноваций». Обновились учебные планы: больше проектов, кейсов и командной работы, появились курсы по инновационному менеджменту и технологическому развитию.

Вокруг кафедры усилилась инфраструктура: Школа молодого предпринимателя, Бизнес-клуб (2008), Бизнес-инкубатор МГУ (2010), Лаборатория проблем инновационного развития (2013), Центр развития молодёжного предпринимательства (2014), программа MBA «Инновации и развитие бизнеса».

Иващенко в 2012 году стала замдекана по межфакультетскому взаимодействию и инновационной деятельности, что расширило влияние кафедры. Под её руководством защищены 14 кандидатских и 2 докторские диссертации, опубликовано свыше 150 работ; присвоено звание Заслуженного профессора МГУ и получен ряд профессиональных наград. 1 ноября 2024 года она передала руководство кафедрой, став её научным руководителем, а курс на инновации и практико-ориентированное обучение был сохранён и усилен.

С 1 ноября 2024 года заведующая — д.э.н. Маргарита Сергеевна Шахова, Н.П. Иващенко — научный руководитель. Повестка шире: от уровня фирмы — к экосистемам и национальным приоритетам инноваций. Обновляются магистерские и допобразовательные программы, усиливается проектная работа. Кафедра наращивает связи с индустрией и технопредпринимательством. Укрепляется аналитика по мерам стимулирования и оценке эффектов инноваций. Сохраняется базовый принцип школы: прикладные исследования + быстрый перенос в обучение